旋轉蒸發儀價格應用中最大的弊端：
    是某些樣品的沸騰，例如乙醇和水，將導致實驗者收集樣品的損失。操作時，通常可以在蒸餾過程的混勻階段時通過小心的調節真空泵的工作強度或者加熱鍋的溫度防止沸騰。或者也可以通過向樣品中加入防沸顆粒。對于特別難以蒸餾的樣品，包括易產生泡沫的樣品，也可以對旋轉蒸發儀配置特殊的冷凝管。在冷凝管與減壓泵之間有一三通活塞，當體系與大氣相通時，可以將蒸餾燒瓶，接液燒瓶取下，轉移溶劑，當體系與減壓泵相通時，則體系應處于減壓狀態。
    真空度是旋轉蒸發器最重要的工藝參數，而用戶經常會碰到真空度打不上問題。這常常和使用的溶媒性質有關，生化制藥等行業常常用水、乙醇、、乙酸、石油醚、氯仿、等作溶媒，而一般真空泵不能耐強有機溶媒，可選用耐強腐蝕特種真空泵。旋轉蒸發器的使用方法：先手動旋轉升降螺旋，順時針擰降到最低~連接旋蒸瓶并用夾子夾緊~打開開關~調節轉速至100左右（轉速在60~150之間）即可~調節溫度至40度左右，待溫度穩定后再調高溫度至60度左右~取出旋蒸液后放于烘箱內烘干。